İşte bu ortamda, 2. Gıyasettin Keykubat'ın sultanlığı sırasında, Horasanlı Yesevi Şeyhi Baba İlyas, halkı sultana karşı isyana çağırdı. Horasan'dan Amasya'ya göç etmiş bulunan Baba İlyas'ın çağrısı, kısa sürede göçebe Türkmenler arasında büyük bir yankı buldu. Yesevi tarikatının en üst derecesi olan "Baba"lığa ulaşmış İlyas'a göre, gerçek olan bu dünyaydı. Yaşamdan sonra başka dünyalarda ödüllendirme ya da cezalandırma yoktu. "Şeriat'ın saçma hükümlerine uymaya gerek yok" diyen İlyas, toplumda kadın-erkek ayrımı gözetilemeyeceğini, bütün insanların eşit olduğunu ancak, sultanların bu eşitliği, kuvvete dayanarak bozduklarını söylüyordu. Batıni doktrinin tüm kurumlarına, ruhun ölümsüzlüğüne ve tekamülüne, yeniden doğuşa ve son durağın Tanrıyla birleşmek olduğuna inanan İlyas, "Herkes eşittir. Ancak, ruhunu geliştirme yolundaki tarikat erenleri Tanrıya daha yakındır" demekteydi.
Baba İlyas'ın isyan çağrısına koşan göçmenlerin başında, yine bir başka Yesevi Babası olan, Baba İshak bulunuyordu. Baba İshak'ın çevresinde kısa sürede, Alevi Türkmenler, İsmaililer, Saabi inanırları ve Ahilerden binlerce kişi toplandı. İshak komutasındaki bu kuvvet bir çok kere, üzerlerine gönderilen Selçuklu ordularını yendi. Baba İlyas bu sırada Amasya'da Selçukluların elinde tutsak bulunuyordu. İshak kuvvetleri, onu kurtarmak üzere Amasya'ya yönelince Selçuklular yeni bir ordu kurarak, İshak’ın kuvvetlerini yendiler ve neredeyse hepsini kılıçtan geçirdiler. Böylece, tarihe "Babailer İsyanı" olarak geçmiş olan halk ayaklanması bastırıldı.
Babailer İsyanı her ne kadar yenilgiyle sonuçlandıysa da, Aleviliğin bir kurum olarak Anadolu’da ne denli yaygın ve yerleşmiş olduğunu da ortaya koydu. Daha sonraki yüzyıllarda, Selçukluların devamı niteliğindeki Osmanlılar, Yavuz Sultan Selim'in Hilafeti ele geçirmesi ile Sünni İslam dünyasının lideri konumuna yükseldiler. Buna karışın Osmanlı İmparatorluğunda da, Alevi isyanları hiç eksik olmadı. 1519'da Yozgat'taki Babai tekkesinin şeyhi Baba Celal'in ayaklanması ile başlayan Celali isyanları yüzyıllarca sürdü. Ünlü Şeyh Bedrettin ayaklanması da, Osmanlıları sarsan bir başka Batıni ayaklanmasıydı.
Babailer isyanının ardından, sağ kalabilen İsmaili ve Yesevi dervişlerinin büyük bölümü, Hacı Bektaşı Veli önderliğinde bir araya gelerek, Bektaşilik tarikatını kurdular. Hacı Bektaşı Veli, 1210 yılında Horasan’da doğdu. Burada Yesevi tarikatına katılan ve Babalığa kadar yükselen Veli, 1240 yılında, diğer Yesevi Babaları ve İsmaililer ile birlikte Anadolu’ya göç etti. Burada, yakın dostu Baba İlyas’ın yanına gitti ve Amasya’ya yerleşti. Babailer isyanının arka plandaki örgütleyicilerinden birisi olan Veli, fazla deşifre olmaması sayesinde, büyük katliamdan kurtuldu. Suluca Karaca höyük' e yerleşen Veli, Yeseviliğin devamı niteliğindeki görüşlerini yaymaya başladı. 1271’de öldüğünde, yanında binlerce müridi vardı. Bektaşilik böylece, Alevi inancın örgütlenmiş üst yapısı olarak ortaya çıktı. Bektaşilik, 19. yüzyıl başlarına kadar, İslam dünyasında etkin bir kuruluş olarak varlığını sürdürdü. Muhtelif Alevi isyanlarına karşın Bektaşiliğe dokunulmamasının en önemli sebebi, Osmanlının vurucu gücü olan Yeniçeriler örgütünü yanına çekmeyi başarmış olmasıydı. Ancak Yeniçeriliğin 1826’da kaldırılması ve tüm yeniçerilerin öldürülmelerini takip eden dönemlerde, Bektaşi örgütlenmesine de büyük darbeler indirildi.
Baba İlyas'ın isyan çağrısına koşan göçmenlerin başında, yine bir başka Yesevi Babası olan, Baba İshak bulunuyordu. Baba İshak'ın çevresinde kısa sürede, Alevi Türkmenler, İsmaililer, Saabi inanırları ve Ahilerden binlerce kişi toplandı. İshak komutasındaki bu kuvvet bir çok kere, üzerlerine gönderilen Selçuklu ordularını yendi. Baba İlyas bu sırada Amasya'da Selçukluların elinde tutsak bulunuyordu. İshak kuvvetleri, onu kurtarmak üzere Amasya'ya yönelince Selçuklular yeni bir ordu kurarak, İshak’ın kuvvetlerini yendiler ve neredeyse hepsini kılıçtan geçirdiler. Böylece, tarihe "Babailer İsyanı" olarak geçmiş olan halk ayaklanması bastırıldı.
Babailer İsyanı her ne kadar yenilgiyle sonuçlandıysa da, Aleviliğin bir kurum olarak Anadolu’da ne denli yaygın ve yerleşmiş olduğunu da ortaya koydu. Daha sonraki yüzyıllarda, Selçukluların devamı niteliğindeki Osmanlılar, Yavuz Sultan Selim'in Hilafeti ele geçirmesi ile Sünni İslam dünyasının lideri konumuna yükseldiler. Buna karışın Osmanlı İmparatorluğunda da, Alevi isyanları hiç eksik olmadı. 1519'da Yozgat'taki Babai tekkesinin şeyhi Baba Celal'in ayaklanması ile başlayan Celali isyanları yüzyıllarca sürdü. Ünlü Şeyh Bedrettin ayaklanması da, Osmanlıları sarsan bir başka Batıni ayaklanmasıydı.
Babailer isyanının ardından, sağ kalabilen İsmaili ve Yesevi dervişlerinin büyük bölümü, Hacı Bektaşı Veli önderliğinde bir araya gelerek, Bektaşilik tarikatını kurdular. Hacı Bektaşı Veli, 1210 yılında Horasan’da doğdu. Burada Yesevi tarikatına katılan ve Babalığa kadar yükselen Veli, 1240 yılında, diğer Yesevi Babaları ve İsmaililer ile birlikte Anadolu’ya göç etti. Burada, yakın dostu Baba İlyas’ın yanına gitti ve Amasya’ya yerleşti. Babailer isyanının arka plandaki örgütleyicilerinden birisi olan Veli, fazla deşifre olmaması sayesinde, büyük katliamdan kurtuldu. Suluca Karaca höyük' e yerleşen Veli, Yeseviliğin devamı niteliğindeki görüşlerini yaymaya başladı. 1271’de öldüğünde, yanında binlerce müridi vardı. Bektaşilik böylece, Alevi inancın örgütlenmiş üst yapısı olarak ortaya çıktı. Bektaşilik, 19. yüzyıl başlarına kadar, İslam dünyasında etkin bir kuruluş olarak varlığını sürdürdü. Muhtelif Alevi isyanlarına karşın Bektaşiliğe dokunulmamasının en önemli sebebi, Osmanlının vurucu gücü olan Yeniçeriler örgütünü yanına çekmeyi başarmış olmasıydı. Ancak Yeniçeriliğin 1826’da kaldırılması ve tüm yeniçerilerin öldürülmelerini takip eden dönemlerde, Bektaşi örgütlenmesine de büyük darbeler indirildi.