Doğal olmasından kastedilen içeriğinde herhangi bir kimyasal olmamasıdır. Mürekkep yapımında kullanılan safran, gül suyu ve amber bitkisel kökenli olduğu için tercih edilir. İlk tercihiniz bu yüzden safran mürekkebi olmalıdır. İkinci ve aslında son çare olarak kurşun kalemi kullanabilirsiniz. Yine kurşun kalemde grafit veya kilden yapılmış olanı tercih etmelisiniz.